Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИДом создан 1 августа 1989 г. приказом МЗ БАССР от 04.07.89 г. № 260-Д «Об организации службы профилактики СПИД в Башкирской АССР», во исполнение приказа МЗ РСФСР от 24.04.89 г. № 62 «Об организации служб профилактики СПИД в РСФСР».
В настоящее время ГБУЗ РЦПБ со СПИДом и ИЗ имеет следующие структурные подразделения:
- организационно-методический отдел;
- отдел диспансерного наблюдения и лечения;
- эпидемиологический отдел;
- отдел организации иммунопрофилактики населения;
- клинико-диагностическая лаборатория;
- технический отдел.
Все структурные подразделения ГБУЗ РЦПБ со СПИДом и ИЗ и кабинет УЗИ расположены в помещении по адресу: г. Уфа, ул.Кустарная, 18.
В соответствии с распоряжением Правительства РБ от 16.09.2004 г. № 811-р были открыты два межрайонных филиала расположенные по адресам:
- 453837, г. Сибай, ул. Чайковского, 15;
- 453512, г. Белорецк, ул. К. Маркса, 142 а.
С 2012 года в состав ГБУЗ РЦПБ со СПИДом и ИЗ входит также филиал в ГО г. Кумертау, расположенный по адресу:
- 453300, г. Кумертау, ул. Брикетная, 8.
С 2021 года в состав ГБУЗ РЦПБ со СПИДом и ИЗ входит также филиал в ГО г. Стерлитамак, расположенный по адресу:
- 453103, г. Стерлитамак, ул. Дружбы,1.